Tramontata l’epoca in cui l’isola era totalmente coperta di enormi leccete, oggi Capraia si presenta come un territorio “montuoso”, con vallate e vette totalmente coperte da macchia mediterranea. La composizione di tale macchia è variata, ma ricomprende il cisto, il corbezzolo, l’oleandro e l’erica (o scopa). Suggestiva nel suo insieme, nel periodo primaverile essa si copre di fiori e fa tanto profumare tutto l’ambiente che a volte,
arrivando col traghetto, si “annusa” l’isola ancor prima di vederla all’orizzonte. Fiori di innumerevoli specie colorano ogni sito, dal ranuncolo alla giunchiglia e poi romulee, narcisi, orchidee selvatiche, violacciocche e cinerarie che creano suggestive macchie di colore nel verde della macchia. Capraia possiede anche specie esclusive di fiori come il fiordaliso di Capraia o comuni al solo Arcipelago, come la Boragine nana o la Bocca di leone di Capraia.
In questo habitat naturale, coadiuvato dal fatto di possedere l’unico invaso di acqua dolce naturale di tutto l’arcipelago ( il “laghetto”), fanno sosta o nido decine e decine di razze di uccelli.
Cardellini, scriccioli, sterpazzole e pettirossi fanno da sfondo ad una colonna sonora che ha i suoi solisti nel gheppio, nel gabbiano comune e corso, nel corvo imperiale, nella beccaccia, nell’airone, nella ghiandaia o nel falco pescatore solo per citarne alcuni ed in molti altri come gli acquatici marangoni dal ciuffo o la berta.
Sul territorio isolano, riparati dalla macchia più alta, vivono colonie di simpatici conigli selvatici e molteplici famiglie, sempre meno diffidenti, ben visibili ovunque ed avvicinabili, di signorili mufloni arrampicati sulle rocce più impensabili. La raganella sarda è diffusissima, al pari del biacco, un serpentone innocuo e timido che ama passare la giornata a scaldarsi sui muretti a secco dell’isola. Il Geco, poi, comunemente chiamato tarantola, è l’innocuo e divertente compagno di ogni nottata estiva ove vi sia una luce accesa.